Die Vereinte Föderation der Planeten unterhält eine Reihe von Strafeinrichtungen, um von Föderations-Gerichten verurteilte Kriminelle aufzunehmen und zu rehabilitieren. Dieses System wird vom Zentralbüro für Strafwesen in Stockholm, Schweden, geleitet, in dessen Verantwortungsbereich auch Strafkolonien wie jene in Neuseeland und auf Jaros II gehören. Spezielle Einrichtungen für geisteskranke Kriminelle, wie die Kolonie auf Tantalus V oder eine Einrichtung auf Elba II, fallen ebenfalls in seine Zuständigkeit.

Die Föderation glaubt an die Idee, dass Kriminelle rehabilitiert werden können, egal, was für ein Verbrechen sie auch begangen haben. In den meisten Fällen erfolgt die Behandlung in Gestalt von Arbeits- und Therapieprogrammen unter Aufsicht einer örtlichen Rehabilitationskommission; in Fällen krankhafter Kriminalität werden auch Drogen und Neuralneutralisatoren eingesetzt. Für diese Methoden leistet Dr. Tristan Adams im 23. Jahrhundert Pionierarbeit. Adams ist der Meinung, dass eine anständige, saubere Umgebung den Insassen eine gewisse Selbstachtung ermöglicht, die für eine erfolgreiche Rehabilitation wesentlich ist. Adams erzielt im Laufe seiner 20-jährigen Karriere große Erfolge, indem er die Lebensbedingungen in Strafkolonien humanisiert; manche seiner Patienten werden sogar Assistenten und Therapeuten. Trotz der Kontroverse um seinen Missbrauch von Dr. Simon Van Gelders Neuralneutralisator auf Tantalus V bleiben Adams' Theorien die Grundlagen für alle modernen Strafeinrichtungen. Den Erfolg der Starfleet-Rehabilitationsprogramme unterstreicht eine geglückte Wiedereingliederung der Insassen in die Gesellschaft. Die Rehabilitationskommissionen beurteilen die Fortschritte der Straftäter, während diese ihre Gefängnisstrafen absitzen, und sie helfen ihnen nach der Freilassung bei der Resozialisierung. In manchen Fällen ist es sogar möglich, dass Starfleet-Personal nach der Verbüßung der Gefängnisstrafe wieder in den aktiven Dienst zurückkehrt. Inhaftierten Offizieren wurde auch die Freilassung unter der Bedingung versprochen, dass sie an Spezialaufträgen teilnehmen.

Oft ist die Justiz anderswo in der Galaxis nicht so fortschrittlich wie jene der Föderation. Im Delta-Quadranten haben die Akritirianer ein drakonisches Rechtssystem. Abgeurteilte Verbrecher werden auf orbitalen Hochsicherheitseinrichtungen eingesperrt. Es gibt keine Wachleute, aber allen Delinquenten wird ein Gerät ins Gehirn eingepflanzt, das ihre Aggression stimuliert. Häftlinge und Nahrung werden durch eine Rutsche in den Hauptraum der Einrichtung gebracht, wo die bereits Inhaftierten mit den Neuankömmlingen in einem tödlichen Überlebenskampf um die knappen Lebensmittel konkurrieren müssen. 2373 werden Tom Paris und Fähnrich Harry Kim von der akritirianischen Regierung zu Unrecht wegen eines Anschlags verurteilt und in eine solche Einrichtung verfrachtet.

Mindestens zwei Spezies haben Erinnerungsimplantate entwickelt, um verurteilte Verbrecher zu bestrafen. Im Delta-Quadranten benutzen die Baneaner eine Methode, bei der die letzten Erinnerungen eines Mordopfers in den Geist des Mörders implantiert und dort immer wieder abgespielt werden. Nach seiner Verurteilung wird der Mörder dann dazu gezwungen, die letzten Sekunden im Leben seines Opfers für den Rest seiner Tage alle 14 Stunden nachzuerleben. 2371 wird Tom Paris zum unschuldigen Opfer dieser Bestrafungsmethode. Die Argrathi des Garnma-Quadranten benutzen ebenfalls Erinnerungsimplantate: Verurteilte Verbrecher werden einer komplexen Computersimulation unterzogen, die ihnen innerhalb weniger Stunden Erinnerungen an eine lange Gefängnisstrafe implantiert. Chief Miles O'Brien von Deep Space Nine wird 2372 der Spionage bezichtigt und zu dieser Strafe verurteilt. Als der Chief wieder der Starfleet übergeben wird, ist das Implantat eines traumatischen 20-jährigen Gefängnisaufenthalts bereits fester Bestandteil seiner Erinnerungen. Die Föderation verhängt die Todesstrafe sehr selten, aber andere Spezies zeigen da weniger Gnade. Klingonen, Cardassianer und Romulaner scheuen nicht davor zurück, verurteilte Verbrecher zu exekutieren.