Wenn eine fremde Zivilisation die Evolutionsstufe erreicht, auf der sie Warpantriebstechnologie entwickeln könnte – was die Aufnahme in die interstellare Gemeinschaft ermöglichen würde –, beginnt die Föderation diese Kulturen zu beobachten. In manchen Fällen ist es nötig, die Spezies heimlich zu studieren, um sie genauer kennen zu lernen. Daher richtet die Starfleet manchmal getarnte Beobachtungsstationen auf fremden Welten ein. Das Kontaktteam wird oft chirurgisch verändert, damit es sich die jeweilige Gesellschaft einfügen kann. Manchmal arbeitet man auch von einem Raumschiff im Orbit aus, das durch Störfelder vor Sensorenerfassung geschützt ist. Oder es kommt eine getarnte Einrichtung auf der Oberfläche des Planeten zum Einsatz, die von manchen „Hochsitz" genannt wird — ein Ausdruck, den man von den getarnten Anlagen übernommen hat, die früher auf der Erde benutzt wurden, um heimische Tiere zu beobachten. In den meisten Fällen ist der „Hochsitz" durch holographische Generatoren getarnt, die ein Landschaftsbild über den Ort projizieren, sodass er sich in die Umgebung einfügt. Manchmal benutzen Beobachter auch spezielle Tarnanzüge, die ähnlich funktionieren wie die Tarnvorrichtung eines Raumschiffs. So ein System kommt z. B. bei Beobachtungsmissionen auf Mintaka III und der Ba'ku-Koloniewelt zum Einsatz.

Vor der ersten Begegnung beobachten Kontaktteams besondere Individuen wie Wissenschaftler oder politische Führer, die empfänglich für das Konzept anderer Welten und der Föderation sind. Wenn die Zeit reif ist, werden diese kontaktiert. Die Situation des Erstkontakts ist immer sehr schwielig: Die zu abrupte Ankunft einer vergleichsweise fortgeschrittenen und überlegenen Zivilisation kann zu einer Katastrophe führen: Völker, die sich die Existenz von Fremdwesen aus dem Universum noch nicht vorstellen können, reagieren manchmal negativ, fremdenfeindlich und panisch. Noch schlimmer ist die Situation, wenn die Entwicklungsstufe der fraglichen Spezies noch weit vor der Warptechnologie oder sogar einfacheren Entdeckungen liegt. Primitive präindustrielle Völker glauben oft noch an mystische Kräfte und gottähnliche Wesen, jede moderne Technik muss ihnen wie Magie erscheinen. Ausrüstungsgegenstände der Starfleet wie Kommunikatoren Phaser, Transporter und holographische Projektorer werden möglicherweise als das Werk einer göttlichen Kraft betrachtet. Die Idee hinter der Ersten Direktive ist schon älter als die Föderation. Das momentan gültige Erstkontakt-Protokoll der Starfleet wurde von dem berühmten Captain McCullough aus-gearbeitet. Verschiedene Starfleet-Schiffe waren an Erstkontakt-Situationen beteiligt; einige bedeutende Missionen fanden unter dem Kommando Captain Jean-Luc Picards von der U.S.S. Enterprise NCC-1701-D statt.

2366 ist Picard in eine Erstkontakt-Situation auf Mintaka III involviert, die beinahe mit einer Katastrophe endet. Ein Hochsitz, der eine Kolonie primitiver Proto-Vulkanier beobachtet, wird enttarnt. Zwei von Picards Führungsoffizieren werden daraufhin chirurgisch umoperiert und auf den Planeten geschickt. Die Mintakaner, die sich auf dem Entwicklungsstand der irdischen Bronzezeit befinden und noch an Mythen glauben, halten Picard für den Behüter – einen ihrer Götter –, da er die modernste Technologie einsetzt. Die Crew der Enterprise kann das Problem lösen, aber ein ähnliches Dilemma 2370 endet nicht so glücklich: Picard hat Vorbehalte gegen den Versuch, eine Gruppe mittelalterlicher Dorfbewohner vor der Zerstörung von Boraal II zu retten. Seine Bedenken bestätigen sich, als ein Eingeborener namens Vorin mit der überlegenen Wissenschaft der Föderation konfrontiert wird und sich das Leben nimmt. Ein typischerer, aber nicht weniger gefährlicher Erstkontakt findet 2367 auf Malcor III statt. Die malcorianische Wissenschaftlerin Mirasta Yale steht kurz davor, den Warpantrieb zu entwickeln, aber soziale Unruhen machen einen Kontakt problematisch. Nach einem heimlichen Treffen zwischen Captain Picard und den malcorianischen Führern beschließen Yales Vorgesetzte schließlich die Entwicklung der Technik zu bremsen, damit ihre Gesellschaft reifen kann. Yale selbst verlässt mit der Enterprise ihren Planeten, um die Galaxis zu erforschen, wie sie es immer wollte. Es ist visionären Personen wie ihr zu verdanken, dass die meisten Erstkontakt-Situationen der Föderation erfolgreich sind.